干细胞在经过临床前动物实验、临床实验的过程中，各种毒性反应、遗传学影响、局部刺激、免疫反应等副作用都是严格考察的项目。不能保证说干细胞完全没有副作用，但研究人员会对疗效获益与副作用风险进行综合考评，来评价干细胞是否能用于该适应症。一般的原则是，在非严重疾病领域使用干细胞时，比如用于美容、运动损伤修复等，对干细胞副作用的要求就会非常严格，一般要求基本无副作用才能准许使用。在疾病治疗研究中，目前通常采用动脉介入、静脉输注、局部注射移植等方式进行干细胞移植，然后依靠其归巢特性可以快速到达损伤部位，参与损伤修复和更替。归巢性是干细胞能够应用于疾病治疗，特别是全身系统性疾病治疗的重要机制之一。也正是因为这个原因，干细胞在临床上具有巨大的应用潜能。